Rodrigues Alves servira à monarquia como Presidente de sua província natal e fora ministro da Fazendo no governo de Floriano Peixoto. Durante seu governo modificou-se o aspecto acanhado e provinciano do Rio de Janeiro, construiu-se a grande Avenida Central (hoje Av. Rio Branco) paralelamente ao início das obras do porto. Alargaram-se praças, destruíram-se pardieiros, modernizou-se a capital da República. É de se assinalar, todavia, que tais obras acarretaram a expulsão, com enorme violência, da população carente para a periferia da cidade ou para os morros. A modernização era benéfica apenas para a elite econômica que controlava o governo.

Durante o governo de Rodrigues Alves libertou-se o Rio da febre amarela, que todos os verões ceifava vidas. O grande plano de erradicação do terrível mal foi executado pelo médico e cientista brasileiro Osvaldo Cruz. Aperfeiçoando os processos usados pelos americanos em Cuba e nas Filipinas, Osvaldo Cruz conseguiu em1906, praticamente, livrar a cidade da doença, muito embora mais uma vez fossem utilizados métodos opressivos contra a população.

Revolta da Vacina (1904) - Houve também, durante o Governo de Rodrigues Alves, uma campanha pela obrigatoriedade da vacina de varíola. A população, manipulada pela oposição,  revoltou-se contra a lei da vacinação obrigatória proposta por Osvaldo Cruz. Na verdade, a revolta deveu-se muito mais à desinformação da população e ao medo que esta tinha do governo, uma vez que estava acostumada a ser sempre agredida. Pensou-se que, em vez de vacina, o governo estaria injetando um vírus ou uma bactéria com o fito de matar os miseráveis. O governo, contudo, ao invés de esclarecer tais fatos, preferiu atacar violentamente os líderes do movimento.

A política exterior - A maior figura do ministério escolhido pelo presidente Rodrigues Alves foi, sem dúvida, José Maria Silva Paranhos Jr., o célebre Barão de Rio Branco. Filho do visconde de Rio Branco, já exercia a diplomacia quando sobreveio a República, a quem serviu, não obstante sua indisfarçada preferência pela monarquia.

A atuação de Rio Branco na Pasta das Relações Exteriores foi marcada, principalmente pela solução de uma grave pendência relativa à fronteira Brasil-Bolívia, compreendendo a vasta região do Acre. A região, pertencente à Bolívia foi ocupada por trabalhadores brasileiros durante o "Ciclo da Borracha". Nesse período atingiu o apogeu a exportação de borracha. O território acreano praticamente só continha brasileiros, vez que a região havia permanecido desabitada pelos bolivianos.  Pelo Tratado de Petrópolis, assinado a 17 de novembro de 1903, foi incorporada definitivamente ao nosso país a região acreana. O Brasil pagou uma indenização à Bolívia mas que poderia recuperar em alguns anos, com a cobrança de impostos regulares na região.

Em seu governo, foi também solucionada a Questão Pirara, lide surgida contra a Inglaterra. O arbitramento foi feito pela Itália, e o embaixador brasileiro responsável foi mais uma vez o Barão de Rio Branco.

Disparidades Regionais - Embora algumas obras fossem iniciadas em Belém, Recife e Salvador, estas cidades não conseguiram acompanhar o surto do progresso sulino. O eixo econômico e político deslocara-se completamente para o sul. Em 1872 ainda se equilibravam as populações das duas grandes zonas geográficas. Em 1900 haviam triplicado as populações de São Paulo, Rio de Janeiro e Rio Grande do Sul, contando a população meridional com uma diferença de 3 milhões de habitantes sobre a população setentrional.