Eleito em 1o. de março de 1894, tomou posse a 15 de novembro nosso primeiro Presidente civil: Prudente José de Morais e Barros.

Assumiu a presidência da República em uma época de crise: forte depressão econômica resultante do encilhamento, sérias sobrevivências do antagonismo político que ensangüentara o quadriênio anterior e a desordem administrativa avultavam entre os grandes problemas que teria de solucionar.

Desejando encerrar a fase revolucionária que enfraquecera a República, conseguiu Prudente de Morais pacificar o Rio Grande do Sul, ainda conturbado pela Revolução Federalista. Seriam anistiados os comprometidos no movimento. Outros fatos importantes marcariam seu governo; enquanto Rodrigues Alves, Ministro da Fazenda, tentava a recuperação financeira do país, discutiam-se e resolviam-se alguns problemas importantes com outras nações.

Em fevereiro de 1895 resolvia-se com o arbitramento do Presidente dos Estados Unidos, Grover Cleveland, a questão de limites com a Argentina (a questão das Palmas); no mês seguinte reatavam-se relações diplomáticas com Portugal, rompidas um ano antes, quando dois navios portugueses deram asilo político a Saldanha da Gama e a outros participantes da Revolta Armada. Sob arbitramento do governo português, solucionou-se o caso da Ilha da Trindade, ocupada desde dezembro de 1895 pelos ingleses, sob a alegação de não existirem ali marcos indicativos da posse brasileira.

Porém, o maior problema com que se deparou o governo de Prudente de Morais, foi a sangrenta campanha de Canudos. Antônio Conselheiro, líder messiânico, pregava entre jagunços a restauração da monarquia no Brasil.  Canudos não representava um reduto monarquista, mas sim um modelo de sociedade alternativo ao que vinha se impondo à população. Ao invés da exclusão e das desigualdades, surgiu o modelo canudense, mais eqüitativo. A atração provocada nas populações dos arredores levou o governo a não aceitar tal sociedade alternativa. Na verdade a guerra ocorrida em Canudos poderia ter sido evitada com um mínimo de assistência social. Mas o governo preferiu causar um longo extermínio da cidade, povoada com pessoas que em verdade desconheciam a diferença entre Monarquia e República.

Sob a proteção do estado de sítio, rapidamente autorizado pelo Congresso, pôde então Prudente de Morais, com razoável energia, dedicar seu último ano de governo aos problemas da Administração Pública.