Embora a constituição de 1891 determinasse que o Presidente da República seria eleito pelo voto direto da população, afirmava também que, após a sua promulgação, o primeiro presidente seria eleito excepcionalmente pelo Congresso. Foi isso que ocorreu.

Candidataram-se ao cargo de Presidente o Mal. Deodoro da Fonseca e o Presidente do Congresso Prudente de Morais; à vice-presidência concorreram o ex-ministro da Marinha almirante Eduardo Wandenkolk e o ex-ministro da Guerra, Mal. Floriano Peixoto. (OBS. A Constituição prescrevia que, diferentemente de hoje, se candidatam em chapas separadas o Presidente e o Vice.) Foi vitoriosa a chapa dos dois marechais, embora a votação de seus concorrentes demonstrasse a existência de uma ponderável força política oposta ao governo. A oposição a Deodoro formara-se durante o Governo Provisório, chegando mesmo a transformar-se em séria dissidência entre aqueles que haviam criado o novo regime.

O novo Presidente da República era amigo pessoal de D. Pedro II, sendo questionável sua legitimidade para assumir o controle do novo regime político. A oposição acusava-o, ademais, de ser defensor da monarquia. Sua atuação, contudo, não demonstrou que tentava restaurá-la.

Habituado à disciplina militar o velho marechal irritava-se profundamente com a violência dos ataques que lhe eram desferidos pelos adversários. Com a aprovação de uma lei sobre a responsabilidade do Presidente da República, provavelmente preparando o caminho para um impeachment, Deodoro resolveu atacar o Congresso: em 3 de novembro de 1891 dissolvia-o, malgrado não ter poderes constitucionais para isso e, confiado no Exército, proclamava estado de sítio.

Apenas o governador do Pará, Lauro Sodré, não apoiou o golpe de Deodoro. No Rio Grande do Sul, porém, alguns militares aliados aos elementos da oposição ao governo depuseram o governador Júlio de Castilhos constituindo uma junta governativa pitorescamente cognominada de governicho. Paralelamente, o almirante Custódio Melo, no Rio de Janeiro, toma a iniciativa de anular o golpe de Deodoro; na manhã de 23 de novembro, ocupa vários navios e, ameaçando bombardear a cidade, intima o governo a render-se (1a. Revolta da Armada).

Conquanto Deodoro contasse com o apoio da maioria da guarnição militar, preferiu renunciar ao poder, evitando assim uma guerra civil. Ao entregar o governo ao Vice-presidente Floriano Peixoto, encerrava sua carreira política e militar.