Após a morte do presidente Afonso Pena, assumiu o Vice-presidente Nilo Peçanha. Durante o curto período de seu governo, foi criado o Serviço Nacional de Proteção ao Índio, cuja direção foi entregue ao então coronel Cândido Rondon, a quem tanto deve o país na obra de integração do selvagem brasileiro na civilização. Os silvícolas haviam sido esquecidos pelo governo desde a invasão portuguesa na América. Em 1967, o Serviço mudou de nome para FUNAI.

1a Crise do Café-com-Leite - No seu governo desenvolveu-se a campanha eleitoral do período seguinte, surgindo a primeira crise do café-com-leite. Os estados de São Paulo e Minas Gerais, que se alternavam no poder, não chegaram a um acordo acerca da sucessão presidencial. Isso ensejou o surgimento de uma oposição um pouco mais consistente. Dois candidatos se apresentaram: Rui Barbosa, defendendo o civilismo, isto é, a predominância civil no governo da República; e o marechal Hermes da Fonseca, elemento de prestígio no seio das classes armadas. Venceu o candidato militar. A República do Café-com-Leite (a alternância entre MG e SP) atravessaria dias difíceis.