Afonso Pena recebou o governo numa época de relativa prosperidade econômica, conquanto persistissem velhos problemas nacionais como a miséria das classes proletárias, a corrupção política e a formação de oligarquias provinciais. A antiga aristocracia rural da cana-de-açúcar decaíra completamente; os patriarcais fazendeiros de café começaram a sofrer a concorrência das novas classes urbanas e industriais que procuravam afirmar-se na direção política.

Foi implementado o Convênio de Taubaté, firmado no final do governo Rodrigues Alves. Ele consistia num programa de defesa dos cafeicultores, em detrimento das finanças governamentais. O governo garantiu a compra do excedente, estabelecendo preços mínimos, emprestou 15 milhões de libras, e estimulou a exportação, por meio de uma desvalorização cambial. Tratava-se de uma nítida influência do poder econômico regional (SP, MG e RJ) sobre o interesse nacional.

Cabe a Afonso Pena o mérito de ter apoiado o programa ferroviário desenvolvido pelo ministro Miguel Calmon. Completam-se as ligações São Paulo - Rio Grande do Sul - Rio de Janeiro - Espírito Santo. Compreendendo a importância do elemento europeu no desenvolvimento do país, acelerou a imigração. Em 1908 perto de 100 000 colonos espalhavam-se pelo Sul do país, destacando-se os  italianos.

Melhorou-se a esquadra com a aquisição de várias unidades navais entre as quais os couraçados Minas Gerais e São Paulo. O exército modernizou-se. Em 1908 o serviço militar obrigatório tornou-se obrigatório, para a felicidade dos patriotas e decepção dos humanistas.

Realizou-se em 1908 a grande Exposição Nacional, que, comemorando o centenário da lei da abertura dos portos do Brasil, procurava propagandear o "progresso" do país. O Presidente, porém, não sobreviveu ao seu mandato; faleceu em junho de 1909. Assumiu, assim, seu Vice Nilo Peçanha por um mandato de mais um ano e 5 meses.