Após ser eleito juntamente com o Vice Francisco de Assis Rosa e Silva, preocupou-se principalmente com as finanças do país, abaladas não só pelas conseqüências do Encilhamento como também pela agitação política. Para a execução de sua política financeira, tomou Campos Sales algumas providências, antes mesmo de assumir a presidência da República. Negociou com banqueiros estrangeiros (principalmente ingleses) um acordo denominado Funding Loan, pelo qual ficavam suspensos durante algum tempo os pagamentos de juros dos empréstimos anteriores, contraindo-se, para isso, novo empréstimo.

Funding Loan (1898) - Pelo acordo, que visava a solucionar a dívida externa nacional, foi concedido um empréstimo de 10 milhões de libras. O Brasil teria 3 anos para iniciar o pagamento dos juros (de 5% ao ano) e 13 anos para começar a pagar os serviços da dívida, tendo 63 anos para concluir o pagamento. Com efeito, somente em 1961 foi paga a última parcela deste empréstimo.

Saneamento Financeiro - Para que o empréstimo fosse efetivado, exigiram os credores que as finanças públicas fossem reorganizadas. Na execução de seu programa financeiro contou Campos Sales com o ministro Joaquim Murtinho. Foram feitos cortes nos gastos públicos, inclusive suspendendo algumas obras, aumentaram-se alguns impostos, desvalorizou-se o câmbio, restringiu-se o crédito e houve "enxugamento monetário", chegando o dinheiro a ser queimado. Tais medidas provocaram queixas amargas e acusações de que se estava retardando o progresso do país. Realmente, tal fato pôde ser constatado posteriormente, com o agravante de que capitais estrangeiros haviam passado a controlar grande parte da economia nacional. Houve desemprego e recessão.

Política dos Governadores - Para tranqüilidade de sua administração organizou Campos Sales a chamada "política dos governadores", que consistia no seguinte: os senadores e deputados correligionários dos governadores dos Estados teriam amplo prestígio junto ao Governo Federal. Este receberia em troca o apoio dos governadores estaduais na execução da política geral do país. Diminuía assim, naturalmente, a importância dos partidos, ao mesmo tempo em que se consolidavam as oligarquias locais. Foi nesse período que se consolidou o voto de cabresto, através dos currais eleitorais.

O resultado imediato da política dos governadores foi a formação de oligarquias estaduais que, apossando-se da direção dos Estados, realizariam, daí em diante, eleições nem sempre (para não dizer nunca) isentas de fraudes e sufocariam prontamente tentativas de rebeldia como as surgidas no Mato Grosso, Piauí, Rio Grande do Norte, Sergipe e Goiás. Ao mesmo tempo, Minas Gerais e São Paulo demograficamente mais fortes, conquistaram o primeiro plano na direção da política republicana.

O órgão responsável por fiscalizar as eleições - uma espécie de Tribunal Superior Eleitoral da época - era a Comissão de Verificação dos Poderes, formada por 5 deputados. Eram indicados sempre aliados do governo, o que impedia qualquer oposição de se instalar. Foram denominadas votações de "eleições a bico-de-pena", vez que a Comisssão fraudava qualquer resultado favorável à oposição. Apelidou-se a fraude eleitoral de degola.